2001-2003年：萌芽
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2001年3月28日，中富航空正式成立，由中富控股持有，初期定位為直升機服務公司，計劃於珠江三角洲地區提供不定期客運服務。
2002年初，中富航空獲發由民航處發出的航空營運許可證，成為香港第三間商用直升機公司，採用西科斯基S76C+型提供不定期客運服務，更提供醫療拯救、觀光和遊覽服務，以及離岸工程人員運載支援。[6]
2003年中，中富航空獲發由民航處發出的新航空營運許可證，容許營運首架龐巴迪CRJ-200型支線飛機，成為香港第三間採用定翼機提供商業客運服務的航空公司，亦是唯一一間同時提供民航客機及直升機的航空公司。[7]
2004-2005年：轉型併購發展
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香港航空前身的中富航空波音737-800（2006年）
塗上香港航空第一代企業塗裝的波音737-800(B-KBE)，這款客機現已全數退役
2004年，泰國東方航空表示有意向中富航空入股；同年10月，泰國東方航空已終止入股中富航空的磋商，原因是雙方未能與達成共識。
2005年中，中富航空引入1架龐巴迪CRJ-700型飛機，並開辦多班往來中國內地的定期客運航班服務。[8][9]。年底，中富航空與波音公司就購買窄體客機和寬體客機進行磋商。中富航空表示計劃購買波音737-800和波音787-8夢幻客機簽署諒解備忘錄，以配合公司飛往中國內地城市，應付航空旅遊的急速需求。波音及中富航空雙方都未透露購買飛機的數量，但據香港媒體透露，中富航空將從波音購買40架飛機，其中30架為波音737-800，10架為波音787夢幻客機（Dreamliner）。
2006年初，海航集團旗下新華航空收購中富航空45%的股份；9月，新華航空董事蒙建強向中富控股主席葉長青收購中富航空餘下的55%股權，成為中富航空的大股東；海航集團成為中富航空實際上的母公司。[10]
2006年：嶄新形象
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2006年11月28日，中富航空正式易名為香港航空，換上新標誌、新空服員制服，並且接收數架波音737-800。
[11][12]
香港航空營運初期以利用新引入的波音737-800服務中國大陸和東南亞地區，拓展連接香港與區內二線城市的航空運輸業務，彌補香港航空市場的空缺，並與現有的航線互為補充，良性競爭。[13][12]
2010-2012年：迅速發展
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塗上舊代香港航空塗裝的A330-200客機
2010年6月，港航首架空中巴士A330-200正式交付[14]，隨即開辦莫斯科的長途航線，成為香港第三間開辦長途航線的航空公司。除了莫斯科外，A330客機會執飛北京、曼谷等具高載客量的一線航線。
2010年9月，港航引入首架空中巴士A330-200F貨機，其貨運業務亦由原以機腹載運，進一步拓展至純貨運航班，成為全球第二家及亞洲第一家營運A330-200F貨機的航空公司。
2011年12月，海南航空（香港）公司的全資子公司Hainan Airlines Investment Holding Co. Limited以總價8.42億人民幣（10億港元）注資香港航空，注資後持有香港航空19.02％股權。
2012年3月，港航開辦往來香港與倫敦的直飛長途航班，以三架全商務艙佈置的空中巴士A330-200營運。[15][16]
2013-2015年：重新定位，穩步向前
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2012年中，香港航空表示已完成全面的策略評估，決定未來將善用其區域業務的優勢，專注發展於亞太地區。港航亦將重組機隊，把重點加強在中國內地、東南亞、日本和韓國的網絡。當新的空中巴士A330-300交付後，港航將逐步淘汰波音737客機，以實現全空中巴士機隊的目標，提高服務及維修方面的成本效益。[17]
2012年12月，香港航空引入全新空中巴士A330-300客機，配備全新長途商務客艙，執飛更多優質客源需求大的航線，並配合原先的空中巴士A330-200客機，雙向提供全面的航空服務。
2013年10月，香港航空重新整合所有航線，將部分休閒航線交予香港快運營運，雙方轉趨獨立運作並出現直接競爭的航線[18]。
2014年6月，香港航空位於香港國際機場的全新香港航空旗艦貴賓室「紫荊堂」正式開幕，進一步提升地面服務及優質客源。[19]
2014年7月，香港航空獲SKYTRAX頒發年度「全球最傑出進步航空公司（The World’s Best Improved Airline）」大獎，以及連續第三年被SKYTRAX評為四星航空公司評級。
2015年2月，香港航空與香港國際機場管理局就分租土地興建飛行培訓中心簽訂協議，而香港航空將於香港國際機場東南端一塊面積約0.6公頃的土地上興建飛行培訓中心。[20]
2015年4月，香港航空表示有意開辦更多新航線，當中包括澳洲航線，預計初期會以包機形式經營。[21]
2015年12月，香港航空前往沖繩的HX658航班成為首班從香港國際機場中場客運廊出發的離港航班。[22]
2016年－2019年：再次邁向國際
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香港航空A350-900客機，已全數退役
2017年3月，香港航空以3.75億港元向嘉里物流購入亞洲空運中心15%股權和同時以5億港元向其他獨立第三方收購亞洲空運中心20％股權，相當於亞洲空運中心已發行股本35%股權。
2017年4月，香港航空分拆貨運業務，成立獨立子公司香港貨運航空（簡稱香港貨航），並取得香港民航處簽發的營運人許可證、及空運牌照局簽發的空運牌照。
2017年6月，香港航空獲Skytrax評為全球最佳區域航空公司排名第2位、全球最佳航空公司排名第24位，於同一排行榜上首次超越其競爭對手國泰港龍航空。
2017年7月，海航集團（香港）向獨立第三方Frontier Investment Partner L.P.基金轉讓持有的香港航空控股34.16%股權、HKA Group Holdings Company Limited 23.75%股權。海航集團自此不再通過海航集團（香港）間接持有香港航空的股權。
2017年9月，香港航空接收首架空中巴士A350-900客機，並啟用中場客運廊的全新貴賓候機室「遨堂」。[23]同月10日，空中巴士A350-900客機正式投入商業營運往來香港至曼谷之航班。[23]
2017年至2018年中，香港航空分別開辦3條北美州航線往來香港直航至溫哥華[24]、洛杉磯[25]、三藩市航線[26]，以空中巴士A330-200及空中巴士A350-900客機服務。
2018年4月19日，香港航空為全新的飛行培訓中心大樓舉行平頂儀式。大樓配備佔地5,858平方米的飛行培訓中心，中心設有多個世界一流培訓設施，包括模擬駕駛艙、模擬客艙、附有室內游泳池的培訓設施等供飛行員及空中服務員培訓之用。大樓啟用後將成為香港航空擁有的專屬培訓大樓，並致力培育航空專才[27]。
2019-2022年：公司業務受到挑戰
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為了提升香港航空的競爭力，港航自2010年代初一直投資大量資金開辦航線、擴張機隊及招聘人手。盡使這些的投資對於提升公司的競爭力有莫大貢獻，但卻為其後之財政狀況埋下惡化的伏線。在2018年12月20日，《星島日報》報道香港航空一筆於2019年1月到期的債券之收益率升穿90厘，令市場開始擔心香港航空會因為財政狀況不足以支持營運而倒閉。[28] 幸好在2019年1月7日，中國財政部轄下的國家開發銀行宣布願意協助港航渡過難關，並提供5.5億美元（約43億港元）覆蓋債務[29] 。同月31日，澳門國際銀行指港航於2017年借下循環貸款2,000萬美元（折合約1.57億港元），但僅歸還其中的196萬港元，於是向法庭入稟要求索償。2月25日，租機公司向香港航空追討1.46億元支付租用六架客機的費用。
2019年2月，香港航空飛行培訓中心已成功通過《建築物條例》所訂的規定，並獲屋宇署簽發俗稱「入伙紙」（OP）的佔用許可證。隨著大樓獲發佔用許可證及地基和外牆工程竣工，香港航空緊接著展開大樓內部設施施工，計劃於2019年第三季度啟用大樓。大樓樓高11層，佔地5,858平方米，竣工後將包括24個培訓教室﹑多達12台模擬駕駛艙，以及適用於不同飛機型號的機艙逃生安全訓練設施。此外，中心還設有一個25米長的室內游泳池供訓練用途[30]。
2019年4月16日，香港航空召開特別股東大會聲明，指重振後的團隊將制定計劃，以確保香港航空今後的財務穩健性。港航亦已聘請獨立核數師及法律顧問，對港航的財務狀況進行第三方調查及評估，團隊同時將尋求解決包括相關方交易在內的部分遺留問題，探討其他相關方的可能性，包括為公司引入新投資等。4月17日，香港航空向每位員工發出電郵，指2018年8月辭任的港航主席鍾國頌將重返港航，並即時重新執掌董事局。鍾會與現有的管理層合作，目的是共同捍衛公司的財務穩健性，致力解決當時狀況。
2019年5月14日，香港航空獲法庭批准早前遭租機公司追的1.46億元債，延期21天存入晢章及證供。6月22日，海南航空向法庭入稟要求歸還有關於2013年6月發行的本票的欠款。7月11日，法庭已於本日撤銷有關股東爭議的案例，同時解除對港航董事的禁制令。
2019年9月24日，香港航空向員工發內部電郵，指由於旅遊需求相當疲弱，公司已作出一系列減省成本的措施但仍難以抵銷巨大的營運開支。就此高級管理層由當月起減薪兩成，為期四個月。港航同時呼籲香港及內地的地勤員工自願參與無薪假計劃，並建議助理經理或以下職級員工每月申請放無薪假，又歡迎員工可申報多於公司建議的日數。計劃暫定由十月開始，為期三個月[31]。
2019年9月25日，香港航空總部大樓正式開幕，並正式公布大樓命名為香港航空訓練大樓（HKA Training Academy），為香港航空首個位於赤鱲角機場島的訓練設施，不單標誌著香港航空發展歷史上的重要里程，此乃香港航空植根香港十三年後的總部投資。大樓內設有香港航空的模擬客艙，以及經香港民航處和中國民航局雙重認證的CAE 7000XR系列全動式A330及A350模擬駕駛艙，能夠模擬飛機本身和機場的環境，並安裝了最新模擬視覺效果技術及全球包括香港、成田、洛杉磯、溫哥華和北京等機場的數據庫。自大樓啟用起，港航已陸續將其飛行員駕駛訓練以及空中服務員的安全與服務培訓遷入本大樓[32]。
2019年11月4日，香港航空宣布於2020年2月起停飛來往洛杉磯的長途客運航班，同時亦削減營運規模約6%。包括進一步調整來往温哥華、大阪-關西、東京-成田、沖繩-那霸、札幌、首爾-仁川、海口、杭州、南京及曼谷的航班班次。
2019年11月29日，香港航空指香港的社會情況持續不穩，營商環境充滿挑戰，將於2020年2月停辦來往天津、胡志明市及溫哥華的航線[33]。至2020年2月香港來往温哥華航線停辦后，香港航空已无长途航线，全部均为中短途區域航线。
2019年11月30日，香港航空表示，所有除空勤人员外的其他香港本地员工的工资将推迟至12月6日发放[34]。同日下午，香港航空宣布將於2019年12月1日起暫停機上娛樂系統服務[35]。
2019年12月2日，香港空運牌照局表示，由於港航的財政問題迅速惡化至嚴重影響其履行作為僱主支付薪酬的責任，以及港航能夠持續及定期提供牌照下的航空服務的可能性，情況令人極度憂慮。牌照局經仔細討論後，決定根據《空運（航空服務牌照）規例》（第448章附屬法例A）第15E（2）（b）條將牌照局過去一段時間以來要求港航達到的財政水平附加為該公司牌照的條件之一。根據香港空運牌照局附加的兩項新條件，港航必須於限期或之前確保能夠注入牌照局訂定的資金或提供令牌照局滿意的其他方案。若港航未能於限期或之前根據牌照局的要求改善財政狀況，牌照局將會採取進一步行動，包括但不限於撤銷或暫時撤銷牌照[36]。12月31日，愛爾蘭飛機租賃公司Awas Leasing One LLC入稟香港高等法院要求法庭下令強制香港航空遵守停飛要求，並支付相關飛機租金及費用。及後，牌照局根據港航遞交的文件有條件接納補救方案[37]。
2019冠状病毒病疫情
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2020年1月29日，因應港府就新型冠狀病毒肺炎推行的緊急級別應變措施，港航開始實施整固航線網絡之特別安排：包括取消至2月11日逾百班往來中國內地的航班。往來內地的航點包括杭州、海口、三亞、南京、上海、北京、天津。[38]
2020年2月7日，時任港航主席侯偉於當天向全體員工發信，指在港航已在過去12個月內實行緊縮開支及調整北美及亞洲航線。因應疫情由2月11日起至3月每日航班將由共82班縮減至30班，並預計疲弱旅遊需求將會延續至夏季。他再指出香港航空將會裁員400人，港航亦會因應自然流失及飛行員轉職其他航空公司以縮減更多員工；非緊急部門將會予以外判，但他特別提及機艙服務員及主要地勤人員將維持足夠應付日常運作及高峰期時的航運需求。
[39]
2020年2月19日，為減低乘客和機組人員接觸2019冠狀病毒病的風險以及加強預防措施，港航作出服務調整，包括暫停供應餐食服務及停止提供個人備品、雜誌及報紙。飲料供應方面，商務艙乘客會獲發支裝水，經濟艙乘客則獲發盒裝水，港航位於香港國際機場中場客運廊的遨堂貴賓室亦會暫時關閉，並保留一號客運大樓的「紫荊堂」貴賓室如常服務。而隨2019冠状病毒病疫情擴大，香港航空於2020年3月8日起暫時停止所有航班上的餐飲服務，以限制機艙活動，減低乘客及機組人員感染風險[40]。
2020年2月20日，有消息人士透露，有機艙服務員陸續收到解僱通知，涉及150至180人。被裁的空中服務員中，高級乘務長佔20人、乘務長佔60人、初級機艙服務員佔90人[41]。
2020年4月12日起，香港航空繼續整固航線網絡，包括維持6條核心航線的客運航班，合共提供每週60班航班服務：航點包括加密馬尼拉、東京成田、曼谷、北京、上海浦東與海口，採用A330寬體客機與A320客機營運。
2020年12月11日，香港航空透過電子郵件向全體員工宣布即日解雇250名機組人員[42]。一個月後，香港航空母公司海航集團宣佈實施實行破产重整。[43]
2021年6月8日，香港航空宣布將會停飛旗下全數12架空中巴士A320客機一年，並削減來往香港及上海的航線至每週一班。此外，香港航空亦宣布會進行內部重組，預計會裁減逾一千個職位，佔航空公司所有僱員約一半，詳情會在數天內向員工公布。[44]
2021年6月15日，香港航空旗下負責機場地勤服務的香港航空地面服務有限公司（HAGSL）於同年7月1日終止營運，同時正委任新的地勤服務供應商，以處理其仍然運作的客運航班服務。[45]目前相關地面服務均已悉數轉由同系的新翔（香港）負責運作及管理。
2022年至今：逃出清盤危機，業務逐步復甦，恢復洲際國際航線
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主条目：海航航空集团 § 破产重整
2021年9月12日，辽宁方大集团成為包括香港航空在內的海航航空集團接盤方[46]。2022年3月4日，香港航空被一間位於愛爾蘭首都都柏林的飛機租賃公司：Stellar Aircraft Holding 1 Limited以債權人身分，入稟香港高等法院提出呈請，要求法庭頒令香港航空有限公司清盤。
根據香港司法機構網頁顯示，高院安排此案在2022年5月11日上午進行審理，應訊人包括香港航空及接管人。而由於有關清盤呈請的入稟狀並非公開資料，清盤名單上，並沒有顯示香港航空具體欠負債務詳情及其與呈請方的財務關係等資料。[47][48][49][50][51]
2022年1月9日，英國法院通過香港航空提交其總值62億美元（約490億港元）的債務重組方案，其後相同的債務重組方案也在1月20日獲得香港高等法院頒下命令通過方案。法官指，涉案本港的債務重組方案切實可行，而且亦在債權人會議中獲通過。判辭亦透露，港航除了提出本港和英國的債務重組方案，亦發行新股方式，獲新投資者「Hong Kong Air Limited」注資港幣30億元。而本港的債務重組方案，主要處理無扺押的債務[52]。
隨着全球旅遊業的復甦對機位需求迅速大增，香港航空於2022年1月12日宣布，由1月起航班營運數量將增加到每日30個航段，達到疫情前30%水平，並恢復飛行以下15個航點，每星期往來中國航班增加一倍至35班，將其業務重心專注於日本航點，並為東南亞航線經香港與其內地航線提供接駁，相輔相成：
東北亞：東京、大阪、沖繩、札幌、首爾、台北
東南亞：曼谷、馬尼拉、河內
中國內地：北京、上海、杭州、南京、成都、海口
。
預料同年年底，整體運力可恢復至疫前75%，目標於2024年恢復至疫情前的營運水平。
同時，全體員工由1月1日起加薪：機組人員加薪8%，飛行時薪另加10%；後勤員工加薪5%及獲5%季度酌情花紅，此花紅與公司業績及個人表現掛鈎，有關詳情將個別通知員工。
為了進一步支持2023年的營運計劃，公司已陸續召回之前放休薪假的員工重返工作崗位，同時恢復招聘，目標於2023 年底於本地及海外共聘用1,000名新員工，包括120名機師、500名機艙服務員和380名後勤人員。屆時員工人數將可恢復到疫前6至7成水平。[53][54]
2023年11月，在香港旅遊業和出遊需求強勁復甦下，香港航空航班班次較去年同期錄得超過8倍增長、乘客數量按年增逾38倍，整體表現理想樂觀。[55]在機隊擴充方面，時任港航主席張有強表示已引進了多架空中巴士A330-300寬體客機，計劃在2024年底之前將現有機隊擴充3成，2024年增加一倍載客量。[56]
2024年4月30日起，香港航空恢復機上娛樂系統的服務，但形式改為起飛後乘客以流動裝置連接機內的無線網絡，再瀏覽港航提供的影片、電影、音樂等，形式與母公司海南航空相似。
2024年7月8日起，香港航空逐步恢復所有航線之熱食正餐及甜品服務，首批航線包括北京首都、上海虹橋、東京成田、大阪關西、札幌新千歲、登巴薩、馬累。
港航立志重新經營越洋航線，由票價可見，港航此仗乃要以實惠取勝，官網售賣的套票票價亦已包括寄艙行李。首批恢復的越洋航線澳洲黃金海岸和加拿大溫哥華兩個航點已經於2025年1月17日和18日復飛；機型暫定為海南航空、天津航空及祥鵬航空引入的A330-300，使港航成為大中華地區目前唯一一家以空中巴士A330客機執飛加拿大航線的航空公司；同時首兩日航線需繞經俄羅斯、阿拉斯加等地，此舉亦打破空中巴士A330-300直航最長航線紀錄[57][58]。2025年3月，港航再宣布將於6月30日開辦悉尼直航航線，票價亦已包括兩件寄艙行李限額。7月，港航宣布將於12月12日開辦墨爾本直航航線，澳洲航點擴張至兩個。
2025年4月30日，港航作出重大宣布，內容包括[1]：
港航所有票價之機票均包括寄艙行李限額，即取消無寄艙行李限額的機票；
與米芝蓮餐廳「明閣」合作推出全新商務艙的餐飲菜單；
「遨堂」貴賓室重新供應即製食品及雞尾酒；
網上預辦登機時將開放更多非額外留座供乘客選擇
2025年7月2日起，因應日本即將發生的「南海海槽特大地震」之影響，港航取消並停止接受預訂來回鹿兒島的航班。