《流氓皇帝》是中国近代史缩影。故事讲述民国初期， 一介草民朱锦春（郑少秋饰）（广东话谐音“猪咁蠢”，“像猪一样笨”的意思）和邻居易蓉蓉（李司棋饰）青梅竹马，由于家境贫寒，等不到蓉蓉之父所要的聘礼，只能眼看蓉蓉嫁入董举人家。锦春有一次被神秘的算命先生指称会成为中国最后一个皇帝，他一笑置之。后来时局混乱，锦春与一班同乡成为土匪，后来被军阀兵团招安，又意外成了大帅，后来国民军北伐成功，锦春落难到了上海，先当了著名影星，后来更成为大亨。其间，锦春一直未忘蓉蓉，千辛万苦，努力寻找蓉蓉。但总是一直找不到蓉蓉。
锦春后来开了百货公司，并得到“申先生”资助，但锦春的百货公司被发现把日本产品冒充成其他欧洲国家产品，引来爱国青年捣乱。当锦春找申先生理论时，申先生才向他揭穿身份：他其实是日本派来的间谍，真名叫“伸直脚也”。伸直脚也还向锦春道出接近他的原因：原来锦春的样貌与前清皇帝溥仪非常相似。因此，伸直先生想把锦春带到满洲国作溥仪皇帝的替身。结果，锦春成了皇帝，而伸直脚也亦找到了蓉蓉，带她到满洲国陪伴锦春。
锦春最后醒觉，放弃当傀儡皇帝，与蓉蓉及一众家人同乡逃离满洲国，但逃难时遇上火车爆炸，与蓉蓉及家人失散，后来辗转流落香港，沦为乞丐。八十年代，一名女记者访问锦春，锦春向她谈及身世，后得女记者帮助入住老人院。原来当年的一班家人同乡没有在火车爆炸中死去，后来亦来到香港，在老人院生活。当大家见到锦春还以为见鬼，因大家都认定他已被炸死。最后，锦春发现原来女记者的家佣蓉姐就是蓉蓉，但蓉蓉在当年火车爆炸后受伤失忆，只记得自己名字有个蓉字，完全失去对锦春的记忆。而故事最后大团圆结局，锦春哼起年轻时唱给蓉蓉的情歌，令蓉蓉恢复记忆，与锦春相认。此时锦春竟中了六合彩头奖，但他决定撕毁彩票，与蓉蓉过平淡幸福的生活。